De biologische beoordeling van de sediment kwaliteit is belangrijk om te bepalen of de verontreinigingen in de sedimenten een risico vormen voor het milieu. Voor deze beoordeling kan gebruik gemaakt worden van verschillende groepen, namelijk alle aanwezige macro-invertbraten, de oligochaeten, muggelarven of nematoden. De totale samenstelling van de macro-invertebraten wordt in veel landen toegepast. Hierbij wordt gebruik gemaakt van diverse indexen. In Vlaanderen is hiervoor de Biotische Sediment Index voor (BSI) ontwikkeld. Deze index is uitgebreid getest op 620 locaties in diverse Vlaamse waterlopen en vervolgens is het niveau voor de determinaties aangepast. De beoordeling op basis van kaakafwijking van muggelarven is ook getest op sedimenten van deze 620 locaties. De kaakafwijking wordt vastgesteld op het vierde larvale stadia en zijn een direct gevolg van verontreinigingen. In Frankrijk wordt veelal gebruik gemaakt van de aangetroffen oligochaeten. Een combinatie van de ontwikkelde oligochaeten index, het percentage tubifexen met setae en de totale dichtheid geven een oordeel van de sedimentkwaliteit. Naast het gebruik van de macro-invertebraten kan er ook gebruik gemaakt worden van de aanwezige nematoden. Deze methode is ontwikkeld in Nederland, oorspronkelijk voor terrestrische bodems. De methode is gebaseerd op de levensstrategie van de soorten en wordt weergegeven als de maturity index. De vier indices worden in dit project vergeleken op basis van een beoordeling van de sedimenten op drie locaties op de Schelde en een locatie op de Maas.